水利经济研究所于1985年由水利部批准成立，至今已经发展成为国内领先的水利经济科研与教学机构，也是国内最早从事水利经济科学研究的科研教学机构。通过集科研、教学、培训、信息与咨询于一体的形式，致力于推动水利及基础产业适应社会主义市场经济，解决经济体制改革及其运行机制的问题，广泛服务于政府、企事业单位及社会各界。
研究所响应新时代水利经济发展需求，紧密围绕水及流域生态文明建设，研究水利等基础产业如何适应社会主义市场经济，为各类工程建设、水利水电开发、水利经济体制改革和建机制服务，是集科研、教学、咨询和信息交流于一体的学术机构。